На початку 1768 року польський сейм приймає постанову про зрівняння в правах православних з католиками. Це викликало протест з боку польської шляхти, яка проживає на теренах України. Під гаслом захисту віри і шляхетських прав у місті Бар на Поділлі вони утворюють військово-політичне об'єднання (Барська конфедерація), спрямоване проти польського короля Станіслава II Августа Понятовського і Російської імперії. Це спонукало українське населення підняти повстання проти Польщі, відоме під назвою "Гайдамаччина" або "Коліївщина". Події того часу теж торкнулись нашого краю: Бердичів опинився в зоні військових дій загонів військ Барської конфедерації. Після придушення повстання гайдамаків польська шляхта збройно виступила проти польського короля Станіслава Понятовського, ставленика і союзника царської Росії. Одним із керівників конфедератів був Казимир Пуласький (Kazimierz Michal Waclaw Wiktor Pulaski, 1746-1779), який стояв на чолі збройних загонів. Конфедерати жорстоко розправлялися із українським населенням, яке співчувало гайдамакам. Відомо, що саме вони спалили найстарішу церкву Бердичева - Михайлівську. Приводом для цього стало те, що священики вимагали повернути їм образ Матері Божої Бердичівської, оскільки саме в православній церкві ікона знаходилась з самого початку.
18 травня 1768 року стало пам'ятним для Бердичева, коли 700 барських конфедератів під проводом Казимира Пуласького, що зазнали поразки в черговому бою з російськими військами, втекли до Бердичева та сховались у фортеці, яка стала їх опорним пунктом. Цього дня до Бердичева з метою знищити конфедератів підійшло восьмитисячне російське військо на чолі з генерал-майором Петром Микитовичем Кречетніковим. Петро Кречетніков наказав встановити гарматні батареї і розпочати безперервний обстріл кляштору.
Сьогодні можна лише уявити могутність стін бердичівської фортеці, оскільки облога її тривала 25 днів, а захисників було всього півтори тисячі проти восьми тисяч росіян. За час облоги монастиря по ньому було випущено 711 гранат, 84 запалювальних бомби, 1569 залізних ядер. Врешті-решт конфедерати вимушені були здатися.
14 червня погоджуючись на капітуляцію, Пуласький виговорив всьому загонові право вільного виходу з кармелітської фортеці. Командуючий російськими військами так описує здачу фортеці: "Наперёд несено было региментарское красное знамя, кое уклоня передо мною, отдали, а их команда, сняв всё вооружение и положив перед нашим фронтом, отведена в учереждённый для сего батальйон-каре; и потом каждая их команда шла и, складывая оружие, отходила в батальйон-каре". Всіх полонених було: знатного шляхетства – 38 чоловік, служилої шляхти – 374, простих людей різного звання – 649 і 165 чоловік прислуги. Незнатних людей росіяни одразу ж відпустили. Незабаром звільнили і простих шляхтичів, після того, як вони пообіцяли відступитися від конфедерації. Головних керівників заколоту Пулавського, Ортинського, Камінського і Ждановського відправили в Полонне, де їх через деякий час теж звільнили, коли вони письмово визнали справу конфедерації несправедливою.
Обстріл гарматами завдав значної шкоди фортеці (як згадка про це на фасаді кляштору досі можна побачити гарматне ядро, що застрягло в стіні). Російські війська захопили 48 гармат і монастирську скарбницю.
Джерело: сайт "Мій Бердичів" http://my.berdychiv.in.ua/podii/p2_articleid/637