4 квітня 1761 року  король Польщі Зигмунт Август ІІІ надав братам францисканцям землю в околицях Житомира під храм та монастир.

Історія  заснування Семінарійського костьолу Парафії Св. Йоана з Дуклі Римсько-католицької Церкви м. Житомира бере свій початок з Ордену Менших Братів у Житомирі  та розпочинається в саме в 1761 році. Хоча офіційною датою створення францисканського чернечого дому є 26 вересня 1763 року. На той час в місті знаходився центр повіту та столиця київської диєцезії. Спочатку був побудований мурований монастир та дерев'яний храм під опікою Св. Йоана з Дуклі, в якому працювали  священики та брати.

У 1804 році за указом царського уряду, Житомир був офіційно затверджений адміністративним центром Волинської губернії. В 1820 році храм св. Йоана з Дуклі згорів. Новий, мурований храм повстав в 1842 році. В середині знаходився головний великий вівтар та два бічних, присвячених Матері Божій Ченстоховскій та св. Антонію з Падуї. Крім того, були передбачені два інших вівтарі на честь св. Франциска Ассізького та св. Йоана з Дуклі.

В 1842 році, для того щоб урятувати монастир, з наказу Петербурзького Духовного Колегіуму його було передано Луцько-Житомирській диєцезії під духовну семінарію. В тому часі в монастирі проживало 12 священиків та 4 братів без свячень. До 1917 року Чернечий Дім Менших Братів містив духовну семінарію, таким чином храм та монастир не були знищені та передані на інші цілі. Від того часу францисканську святиню почали називати "семінарійський костел".

       Під час другої світової війни в костелі було розміщено кінотеатр. Після закінчення війни тут розміщувалися різного роду установи. Брати Францисканці повернулись до свого дому в Житомирі 17 травня 1992 року. Житомирський Єпископ Ян Пурвінський передав храм після короткого перебування в ньому отців Палотинів. Відбудова пошкодженого храму забрала немало часу та праці. Необхідно було змінити напрямок храму, бо перед центральним входом зі сторони Соборної площі був вибудуваний багатоповерховий будинок. Була також відібрана та відновлена частина монастиря.

Освячення святині відбулося 25 жовтня 1997 року Його Ексцеленцією Яном Пурвінським. 1 березня 2006 року, після 15 річних змагань про повернення монастирських приміщень, дякуючи великим зусиллям священиків, вірних та тогочасній владі, обласна держадміністрація своїм актом урочисто передала колишні приміщення монастиря, які були зайняті з радянський часів обласним військкоматом.

При парафії Св. Йоана з Дуклі створено групу міністрантів, групу Францисканської Молоді, а також діє Францисканський Орден Світських, живий розарій, біблійний круг. Семінарійський костел Парафії Св. Йоана з Дуклі Римсько-католицької Церкви м. Житомира опікується людьми похилого віку, дитячими будинками та інтернатами, дітьми із малозабезпечених сімей.

Щонеділі до храму св. Йоана з Дуклі приходить близько 2 тис. вірних. Богослужіння відправляються на українській, польській та російській мовах. В парафії проходять систематичні катехетичні заняття з дітьми та молоддю. Ведуться також курси приготування до таїнств: Хрещення, Сповіді, Першого Причастя, Миропомазання та Подружжя.